Η Σχολή περιλαμβάνει τα παρακάτω Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών:
Εκπαιδευτικών Μηχανολόγων Μηχανικών:
1. Νεότερες Μέθοδοι Σχεδιασμού και Ανάλυσης Μηχανολογικών Κατασκευών.
2. Αναβάθμιση Κτηρίων, η οποία περιλαμβάνει δύο κατευθύνσεις: α) Δομική Αναβάθμιση Κτηρίων και β) Ενεργειακή Αναβάθμιση Κτηρίων.
Εκπαιδευτικών Πολιτικών Μηχανικών:
1. Εφαρμοσμένη Υπολογιστική Δομική Μηχανική (ΕΥΔΜ).
2. Τεχνολογίες Διαχείρισης Υδάτων, Πηγών Μορφών Ενέργειας και Περιβαλλοντικής Μηχανικής.
3. Αναβάθμιση Κτηρίων, με δύο κατευθύνσεις: α) Δομική Αναβάθμιση Κτηρίων και β) Ενεργειακή Αναβάθμιση Κτηρίων (Αειφοριακή).
Παιδαγωγικό Τμήμα:
1. Σπουδές στη Μεταπτυχιακή και Εκπαιδευτική Πράξη.
2. Εκπαιδευτικές Εφαρμογές με την Επιστημονική STEM.
3. Εκπαίδευση Καθηγητών και Καινοτομία Τεχνολογιών και Βιοϊατρικών και Μηχανικών Πεδία (Διεπιστημονικό).
4. Οργάνωση και Διοίκηση της Εκπαίδευσης (Α.Σ.ΠΑΙ.Τ.Ε. – Θεσμικό).
5. Σπουδές στην Εκπαίδευση Ενηλίκων.
6. ΤΠΕ στη μάθηση και μάθημα Σχολικών καινοτομιών.
7. Συμβουλευτική και Επαγγελματικός Προσανατολισμός.
8. Διδακτική Μαθημάτων Ειδικότητας στις Νέες Τεχνολογίες.
9. Προηγμένα και Συγχρόνως Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών είναι ενεργά τα τελευταία χρόνια.