Στο τμήμα λειτουργούν τρεις τομείς:
α) Φιλοσοφίας και Θεωρίας της Επιστήμης και της Τεχνολογίας, β) Ιστορίας της Επιστήμης και της Τεχνολογίας, γ) Επιστήμης της Γνώσης και της Νόησης.
Παράλληλα, το πρόγραμμα σπουδών διακρίνεται σε τρεις κατευθύνσεις, με επιλογή στο 3ο έτος σπουδών: α) Ιστορία της Επιστήμης και της Τεχνολογίας, β) Φιλοσοφία της Επιστήμης και της Τεχνολογίας, γ) Ιστορία και Φιλοσοφία της Επιστήμης και της Τεχνολογίας.
Λειτουργούν, επιπλέον, τέσσερα εργαστήρια: Ηλεκτρονικής Διαχείρισης Ιστορικών Αρχείων· Γνωστικής Επιστήμης και Εκπαιδευτικής Τεχνολογίας· Πολιτικής και Θεσμικής Θεωρίας και Ιστορίας των Ιδεών· Φιλοσοφίας, Ηθικής, Πολιτικής και Επικοινωνίας για την Επιστήμη και την Τεχνολογία.
Ενδεικτικά, μερικά από τα βασικά μαθήματα του τμήματος έχουν ως εξής:
— Υποχρεωτικά: Νεότερη και Σύγχρονη Φιλοσοφία· Γνωσιολογία και Μεταφυσική· Ηθική Φιλοσοφία· Ιστορία της Τέχνης· Αρχαία Ελληνική Γλώσσα και Γραμματεία· Μαθηματικά· Φυσική· Λογική και Θεωρία Συνόλων· Big Data· Αρχές Οικονομικής Ανάλυσης· Θεωρία Δικαίου και Κράτους.
— Ιστορίας της Επιστήμης: Ιστορία των Φυσικών και Βιολογικών Επιστημών· Ιστορία των Μαθηματικών· Ιστορία της Ιατρικής· Ιστορία της Τεχνολογίας· Ιστορία της Πληροφορικής· Επιστήμη, Τεχνολογία και Κοινωνία κ.ά.
— Φιλοσοφίας και Θεωρίας της Επιστήμης και της Τεχνολογίας: Φιλοσοφία της Επιστήμης· Φιλοσοφία της Τεχνολογίας· Ηθική της Επιστήμης και της Τεχνολογίας· Φιλοσοφία της Φυσικής· Φιλοσοφία της Βιολογίας· Αναλυτική Φιλοσοφία· Φιλοσοφία του Νου· Σύγχρονη Φιλοσοφία· Γνωσιακή Επιστήμη κ.ά.
— Επιστήμης της Γνώσης και της Νόησης: Γνωσιακή Επιστήμη· Λογική, Γλωσσολογία και Γνωσιακές Προσεγγίσεις· Διδακτική και Μεθοδολογία των Μαθηματικών κ.ά.
— Φιλοσοφίας της Επιστήμης: Φιλοσοφία της Φυσικής· Φιλοσοφία των Μαθηματικών· Φιλοσοφία της Βιολογίας κ.ά.