Παρακάτω παρουσιάζονται τα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών που προτείνονται από τα Τμήματα:
Θεολογίας Αθήνας:
● Η Θεολογία στον Σύγχρονο Κόσμο.
● Ορθόδοξη Θεολογία.
● Studies in Orthodox Theology (διιδρυματικού χαρακτήρα).
● Ταυτότητα, Εκπαίδευση και Ικανότητες Δημοκρατικού Πολιτισμού (διατμηματικού χαρακτήρα).
Θεολογίας Θεσσαλονίκης:
1. Θεολογία και Πολιτισμός με τις ειδικεύσεις: α) Χριστιανική Γραμματεία και Ιστορία, β) Συστηματική Θεολογία, Κοινωνιολογία και Σπουδές της Θρησκείας και γ) Πρακτική Θεολογία και Παιδαγωγική.
2. Τουρισμός και Τοπική Ανάπτυξη με τις εξειδικεύσεις: α) Τουρισμός και Περιφερειακή Ανάπτυξη, β) Δημιουργία Περιεχομένου και Διοίκηση Τουρισμού και γ) Πολιτισμός – Θρησκευτικός Τουρισμός.
3. Νεοελληνική Γλώσσα για Αλλόγλωσσους.
4. Σπουδές στην Ιστορία, την Πνευματική και την Τέχνη και τον Πολιτισμό του Αγίου Όρους.
5. Θρησκεία, Ειρήνη, Βαλκάνια και Ελληνισμός: Ιστορία, Πολιτισμός και Πολιτική.
6. Θρησκειολογία-Θρησκειογραφία.
7. Παγκόσμιες Σπουδές και Διεθνής Ασφάλεια.
8. Εκκλησιαστική Μουσική και Καλλιτεχνική Δημιουργία.
9. Θεολογία και Κοινωνία.
10. Διδακτική των Θρησκευτικών.
Κοινωνικής Θεολογίας και Θρησκειολογίας Αθήνας:
1. Πηγές, Λατρεία και Διαπολιτισμικός Βίος του Χριστιανισμού.
2. Κοινωνική Θεολογία και Επιστήμες του Ανθρώπου με τις εξής ειδικεύσεις: α) Αξιολογική Ψυχοκοινωνική Συμβουλευτική, β) Επικοινωνιακή Θεολογία, Σχολική Θρησκευτική Αγωγή, Ποιμαντική Θεολογία και Συμβουλευτική και γ) Κανονικό Δίκαιο.
3. Θρησκειολογία.
4. Θρησκευτική Εκπαίδευση και Αγωγή.
5. Ελλάδα: Εκκλησιαστική Ιστορία & Πολιτισμός (διιδρυματικού χαρακτήρα).
6. Studies in Orthodox Theology (διιδρυματικού χαρακτήρα).
Κοινωνικής Θεολογίας και Χριστιανικού Πολιτισμού Θεσσαλονίκης:
1. Ορθόδοξη Θεολογία και Χριστιανικός Πολιτισμός με τις κατευθύνσεις: α) Βιβλικών, Πατερικών, Αγιολογικών και Καρεολογικών Σπουδών, β) Ιστορίας, Δόγματος, Δικαίου και Αρχαιολογίας, γ) Εργονομίας και Τέχνης.
2. Σπουδές στην Ιστορία, την Πνευματική και την Τέχνη και τον Πολιτισμό του Αγίου Όρους.
3. Ελλάδα: Εκκλησιαστική Ιστορία και Πολιτισμός (διιδρυματικού χαρακτήρα).
4. Θρησκευτικός και Πολιτισμικός Τουρισμός (διιδρυματικού χαρακτήρα).