Οι απόφοιτοι του τμήματος βρίσκουν απασχόληση τόσο στον δημόσιο όσο και στον ιδιωτικό τομέα, αξιοποιώντας τη μετεκπαίδευση, την εξειδίκευσή τους, την εμπειρία τους και τη γνώση των προδιαγραφών, των κανόνων και των κανονισμών ασφάλειας και ποιότητας στις υπηρεσίες Υγείας. Ο Μηχανικός Βιοϊατρικής οφείλει να γνωρίζει τις προδιαγραφές, τους κανόνες και τους κανονισμούς ασφάλειας και ποιότητας στις υπηρεσίες Υγείας. Στους αποφοίτους Μηχανικούς Βιοϊατρικής αναγνωρίζονται θετικές Μηχανικών (Ανώτατης Εκπαίδευσης) επαγγελματικές προοπτικές με πλήρη δικαιώματα.
Σε δημόσιους οργανισμούς και νοσοκομεία τοποθετούνται σε θέσεις ευθύνης, όπως σε Τμήματα/Γραφεία Βιοϊατρικής Τεχνολογίας, τεχνικές υπηρεσίες, επιτροπές προμηθειών και διαγωνισμών, βιοϊατρικά εργαστήρια, τμήματα ποιότητας και ασφάλειας κ.ά. Στον ιδιωτικό τομέα απασχολούνται σε εταιρείες παραγωγής, εμπορίας, εγκατάστασης, τεχνικής υποστήριξης και ελέγχου ιατροτεχνολογικού εξοπλισμού, σε εταιρείες πιστοποίησης συστημάτων ποιότητας/ασφάλειας, σε κλινικές και διαγνωστικά κέντρα, καθώς και ως σύμβουλοι ή ελεύθεροι επαγγελματίες.
Οι πτυχιούχοι του Τμήματος Μηχανικών Βιοϊατρικής Τεχνολογίας έχουν τη δυνατότητα να ασχοληθούν με τα ακόλουθα αντικείμενα: Παραγωγή ή εμπορία πάσης φύσεως ιατρικών οργάνων και λεπτομηχανισμών. Επισκευή, συντήρηση, ανακατασκευή ιατρικών μηχανημάτων, οργάνων, συσκευών βιοτεχνολογικού ενδιαφέροντος καθώς και λεπτομηχανισμών. Εξασφάλιση, στον χώρο των Νοσοκομείων και σε συνεργασία με άλλους ειδικούς επιστήμονες (π.χ. ιατρούς, ακτινοφυσικούς, βιομηχανικούς), της ετοιμότητας προς χρήση συσκευών και οργάνων, με ευθύνη του αντίστοιχου μηχανισμού ελέγχου. Κατάρτιση προδιαγραφών, σύνταξη τεχνικών δελτίων και συμμετοχή σε επιτροπές προμηθειών, εγκαταστάσεων, παραλαβών και ελέγχων ιατρικού εξοπλισμού. Πραγματοποίηση, ως στελέχη του Δημοσίου, ελέγχων σε αγορές, βιομηχανίες και βιοτεχνίες καθώς και σε ιδιωτικά εργαστήρια και ιατρεία, για τη χορήγηση σχετικής άδειας λειτουργίας. Κάθε άλλη επαγγελματική δραστηριότητα που εμφανίζεται στο αντικείμενο της ειδικότητάς τους με την εξέλιξη της τεχνολογίας, σύμφωνα με τις ρυθμίσεις της εκάστοτε ισχύουσας νομοθεσίας.
Οι πτυχιούχοι του τμήματος εξελίσσονται μέσα στη διοικητική και τεχνική ιεραρχία σε αντικείμενα σχετικά με τους τομείς της ειδικότητάς τους. Έχουν επίσης τη δυνατότητα να εργαστούν στην εκπαίδευση, να καλύπτουν θέσεις υπευθύνων στελεχών που προβλέπει η ισχύουσα νομοθεσία για τη λειτουργία των μονάδων που χρησιμοποιούν ή παράγουν ιατρικά όργανα, αλλά και να συμμετέχουν στη διαχείριση της βιοϊατρικής τεχνολογίας σε οργανισμούς Υγείας. Οι απόφοιτοι του τμήματος εντάσσονται στο ΠΕ Βιοϊατρικής Τεχνολογίας, σύμφωνα με το τελευταίο Προεδρικό Διάταγμα και τους κλάδους που καθορίζει για τα προσόντα διορισμού σε φορείς του Δημοσίου.